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Se acepta la posibilidad de la Inspección de comprobar datos correspondientes a ejercicio ya prescrito pero que inciden en la fijación del régimen de determinación de la base imponible aplicable en el ejercicio posterior, no prescrito. Es criterio contrasta con la jurisprudencia tradicional, según la cual, cuando han adquirido firmeza las bases negativas o las deducciones, por no haber sido comprobadas dentro del período de prescripción, «los conceptos e importes consignados han de ser respetados, debiendo aquietarse la Administración a los datos resultantes de las autoliquidaciones presentadas por el interesado» (STS 13 marzo 1999, y las SSAN 20 enero y 3 abril 2003 y 3 febrero 2005).
En cambio, la Res. TEAC 16 mayo 1989 entendió que la determinación de la deuda tributaria de un ejercicio no prescrito implica la posible investigación o comprobación de pruebas originadas en años anteriores, aunque correspondan a períodos prescritos, pues no existe ninguna norma que obstaculice la investigación de años anteriores ni que señale la prescripción de los medios de prueba. En el mismo sentido, la STS 6 febrero 2008 (comentada por Juan Calvo en el núm. 12/2009) permite comprobar el valor de un bien adquirido en un ejercicio prescrito (1988 en el caso planteado) a efectos de determinar su amortización en los ejercicios no prescritos. Este es además el criterio que se consagra en el art. 70.3 de la vigente Ley General Tributaria (Ley 58/2003), según el cual «la obligación de justificar la procedencia de los datos que tengan su origen en operaciones realizadas en períodos impositivos prescritos se mantendrá durante el plazo de prescripción del derecho para determinar las deudas tributarias afectadas por la operación correspondiente».