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El carácter autónomo de la obligación de practicar ingresos a cuenta, independientemente de la obligación definitiva, conlleva que la omisión de los pagos a cuenta del Impuesto sobre Sociedades sea constitutiva de infracción aunque la liquidación del ejercicio resulte negativa. Sin embargo, no resulta proporcionado que la sanción se aplique haciendo abstracción de la suerte que corra la liquidación definitiva del ejercicio, por lo que se considera que, para determinar la base de cálculo de la sanción, ha de tenerse en cuenta el
perjuicio que ha supuesto para la Administración la falta de ingreso de los pagos fraccionados, constituido por la pérdida del anticipo de liquidez que suponen los mismos, y que se cuantifica en el importe de los  intereses de demora.
Aplicando el mismo criterio hay que entender que también cuando la liquidación resulta positiva, si se ingresa la misma sin deducir los pagos fraccionados omitidos, también la base imponible serán los intereses de demora hasta la fecha en que se ingresó la autoliquidación del impuesto.